ハプログループBは約4～5万年前にアジアで分岐し、東南アジアやポリネシアといった南方に広まっていった。 分布としてはイラン、イラク、華南、チベット、ベトナム、マレーシア、インドネシア、タイ、日本、台湾、フィリピン、ポリネシア、マダガスカル、メラネシア、ミクロネシア、ハワイなどで、アメリカ先住民からも検出されている。 ハワイの先住民であるポリネシア人にはグループBが多く、9割がこのグループに属している。 初期の単一グループの中では最も広範囲に移動しており、太平洋を取り囲むように分布している。 ハプログループBは太平洋の北側を陸路でアメリカ大陸へまわっていったグループと、南から海を渡ったグループに分かれている。 南をまわった人々の中には、南米の西海岸まで到達した人もいたと考えられている。その西海岸に住んでいた人々は、陸路を使ってきた同じBグループであった可能性が高いといわれている。つまり同じ祖先をもつ人々が、別々の進路を使って数万年ぶりに再会したのだ。 エルヴィス・プレスリー（Elvis Aron Presley）や演歌歌手の小林幸子などがハプログループBに属している。 またインカ帝国で見つかったミイラ、人骨はそのほとんどがグループB4であることが分かっている。 縄文時代には既にこのB4が日本列島にいたことが縄文人骨の解析などから明らかとなっており、現在では、特に東京と宮崎で多く検出される。日本人に占める割合はB4（9.1%）、B5（4.3%）である。